Для изменения дизайна модулей (например mod_virtuemart_featureprod или mod_virtuemart_latestprod ) надо править файл components/com_virtuemart/default/templates/common/productsnapshot.tpl.php
Для изменения дизайна при оформлении заказа нужно подправить файлы в папке components/com_virtuemart/default/emplates/basket
Еще изменяем страницу товара на более вменяемую и красивую. Для этого надо поколдовать на файлом flypage-ask.tpl.php
прописываем куда надо при помощи таблицы всякие вкусности. И навигацию, больше всего меня бесит навигация в Virtuemart